Bei diesen Haftungsfällen geht es um die Beschädigung privater Rechtsgüter durch GVO mit Ausnahme der Koexistenzsschäden: ein Mensch oder ein Haus- oder Nutztier erleidet Allergien, Schädigungen innerer Organe, bekommt Krebs oder stirbt aufgrund von Resistenzbildungen durch Antibiotikaresistenzmarker; eine Kulturpflanze wie Mais oder Weizen wird durch GVO zerstört oder beschädigt, ein landwirtschaftlich genutztes Feld kann wegen der Ausbreitung herbizidresistenter Superunkräuter nur noch mit erhöhten Chemikalieneinsatz bestellt werden, ein landwirtschaftliches Produkt verändert aufgrund von GVO seine Eigenschaften oder der Einfluss genetisch veränderter Bodenorganismen schädigt die Bodenfunktionen.

Für solche Fälle gilt die Gefährdungshaftung des Betreibers nach § 32 ff. GenTG bzw. bei Schäden durch GVO-Arzneimittel eine ähnliche Haftung nach den §§ 84 ff. Arzneimittelgesetz. Für Schäden durch rechtmäßig in Verkehr gebrachte GVO-Produkte inklusive landwirtschaftlichen Produkte gilt das Produkhaftungsgesetz, wobei hier - abweichend von § 1 Abs. 2 Nr. 5 Produkthaftungsrecht - auch für Entwicklungsrisiken gehaftet wird. Nach all diesen Regelungen haftet Derjenige, der die Freisetzungsversuche oder Gewächshausexperimente durchführte, das Arzneimittel oder Produkte in Verkehr brachte, verschuldensunabhängig für Schäden durch den GVO. Für die Haftung reicht also allein die Tatsache, dass es durch die Anwendung gentechnischer Verfahren zu einem Schaden kommt, auch wenn der Betreiber nachweisen kann, dass er höchste Sorgfalt walten ließ.

Bei Freisetzungen und Entweichen aus geschlossenen Systemen (Labor/Gewächshaus) muss der Schaden durch die gentechnische Veränderung selbst und nicht durch sonstige Eigenschaften des Organismus entstanden sein. Herrscht Unklarheit über die Rolle der Gentechnik in einem solchen Schadensfall, hilft dem Geschädigten die Vermutungsregel des § 34 GenTG, wonach im Zweifel von einer Verursachung durch die gentechnische Veränderung auszugehen ist. Außerdem hat der Geschädigte auch einen Auskunftsanspruch gegen Betreiber und Behörde in Bezug auf Art und Ablauf der Labor- oder aus Gewächshausexperimente bzw. des Freisetzungsversuchs.

Der Geschädigte ist nach dem Prinzip der Naturalrestitution so zu stellen, wie wenn es nicht zu dem Schaden gekommen wäre. Ist dies nicht mehr möglich oder unverhältnismäßig, ist er finanziell zu entschädigen. Die Wiederherstellung des vorherigen Zustandes in Natur und Landschaft wie zum Beispiel die Wiederansiedlung verdrängter Pflanzen ist dabei noch nicht alleine deshalb unverhältnismäßig, weil sie den Wert der verdrängten Pflanze übersteigt.

Kommt es durch das Zusammenwirken mehrerer Betreiber zu einem solchen Schaden, etwa weil mehrere GVO verschiedener Firmen oder Forschungseinrichtungen ursächlich waren, haften alle Beteiligten nach dem Geschädigten gegenüber für den vollen Betrag, haben dann aber intern je nach Verursachungsbeitrag Ausgleichsansprüche.