Wie im allgemeinen Lebensmittelrecht auch dient die Kennzeichnung von Produkten der Wahlfreiheit von Verbrauchern, Hersteller, Händlern und Landwirten. Diese Möglichkeit, zwischen gentechnisch veränderten und konventionellen/ökologischen Produkten wählen zu können, ist daneben auch zentraler Pfeiler des Koexistenzprinzips. Auch die Rückverfolgbarkeitsregeln verlangen eine Kennzeichnung genetisch veränderter Produkte. Zweck der Rückverfolgbarkeit ist, im Falle des Auftretens unerwarteter Risiken durch zugelassene Produkte diese schnell aus dem Verkehr ziehen zu können. Ein solches Reagieren entlang der gesamten Produktionskette (Saatguthersteller - Landwirt - Verarbeiter - Händler - Verbraucher) ist nur möglich, wenn das Produkt gekennzeichnet ist.

Kennzeichnung kann es nur bei zugelassenen Produkten geben. Nicht zugelassenes Material wie etwa GVO auf Freisetzungsversuchen oder sonstige kursierende nicht zugelassen GVO wie der im Jahr 2005 aus den USA kommende Bt-10-Mais oder der im Jahr 2006 ebenfalls aus den USA eingeschleppte LL601 Reis sind überhaupt verkehrsfähig und müssen vernichtet werden, so dass sich die Frage der Kennzeichnung hier gar nicht stellt.