Das sogenannte Stufenprinzip oder step by step Prinzip ist tragendes Strukturmerkmal der gesamten europäischen Gentechnikregulierung. Es besagt, dass die Entlassung von GVO in die freie Umwelt entsprechend dem Vorsorgeprinzip nur schrittweise erfolgen soll. Zuerst sind mit dem GVO Erfahrungen in Labors und Gewächshäusern zu machen. Die Überreste solcher Versuche sind zu inaktivieren, um zu verhindern, dass noch nicht auf ihre Sicherheit getestete GVO in die Umwelt gelangen und mit ihr interagieren oder gar in die Nahrungsmittelkette kommen.

Erst wenn sich in geschlossenen Systemen keine unverantwortlichen Risiken gezeigt haben, kann durch einen Freisetzungsversuch der Gang in die Umwelt erfolgen. Darin wird auf einem eng begrenzten Feld unter wissenschaftlicher Beobachtung und strengsten Sicherheitsmaßnahmen geklärt werden, ob die GVO sicher gut genug sind, um sie kommerziell vermarkten zu können. Eine Freisetzung darf also nicht schon selbst ein Massenphänomen sein. Wegen der bei Freisetzungen noch ungeklärten Sicherheitsfragen müssen die Überreste solcher Versuche ebenfalls vernichtet und entsorgt werden, um eine Kontamination mit nicht zugelassenen GVO zu verhindern.

Erst wenn die Zulassungsbehörde aufgrund der Erfahrungen in Labor, Gewächshaus und Freisetzungsversuchen keine Sicherheitsbedenken mehr gegen den GVO hat und ihm eine Produktzulassung erteilt, ist als letzte Stufe die freie Vermarktung und damit der im Prinzip unbegrenzte Einsatz in der Umwelt zulässig. Das Stufenprinzip ergibt sich unter anderem aus der Begründungserwägung 24 der Richtlinie 2001/18/EG und auch der Definition der Freisetzung in § 3 Nr. 5 GenTG, welche ebenfalls vom zeitlichen Vorrang der Freisetzung vor dem Inverkehrbringen ausgeht. Außerdem folgt es aus der gesamte Systematik des EU-Gentechnikrechts, welches für die erste Stufe (Labor/Gewächshaus) die Systemrichtlinie 90/219/EWG, für die zweite Stufe (Freisetzung) Teil B der Richtlinie 2001/18/EG und für die Stufe Teil C dieser Richtlinie vorsieht.