Zusätzliche Regeln gelten, wenn der GVO nicht nur als fertiges Endprodukt sondern als Saatgut vermarktet werden soll. Hier ist neben der gentechnikrechtlichen Genehmigung - sei es nach der Freisetzungsrichtlinie 2001/18/EG, sei es nach der Lebens- und Futtermittelverordnung 1829/2003/EG - zusätzlich noch eine Sortenzulassung nötig. Diese richtet sich nach den EG-Saatgutrichtlinien und dem deutschen Saatgutverkehrgesetz.

Der Betreiber hat einen entsprechenden Antrag beim Bundessortenamt zu stellen, die wiederum die EU-Kommission davon unterrichtet. Das Bundessortenamt führt dann Wertprüfungen durch, um festzustellen, ob das Saatgut den Anforderungen an Unterscheidbarkeit, Homogenität, Stabilität und landeskulturellem Wert erfüllen. Ist dies der Fall, dürfen die entsprechenden Sorten in den deutschen Sortenkatalog aufgenommen werden und sind damit in Deutschland zugelassen. Zur europaweiten Vermarktung prüft die Kommission, ob die Aufnahme in den einzelstaatlichen Sortenkatalog der Gemeinschaftsgesetzgebung entspricht. Trifft dies zu, nimmt sie die betreffende Saatgutsorte in den gemeinsamen Sortenkatalog auf mit der Folge, dass das Saatgut dann auch EU-weit in Verkehr gebracht werden darf.

Unklar ist, welche gentechnikrechtliche Genehmigung für Saatgut erforderlich ist, welches zur Herstellung von Lebens- und Futtermittel bestimmt ist wie zum Beispiel Saatgut für genetisch veränderten Mais. Die EU-Kommission und das deutsche BVL sind der Auffassung, in diesen Fällen seien beide Rechtsakte anwendbar. Danach können die Antragsteller wählen, welches Zulassungsverfahren sie durchlaufen wollen. Da aber erst die Ernte und nicht schon das Saatgut das Rohmaterial ist, aus dem Lebens- und Futtermittel hergestellt werden, ist Saatgut noch kein Lebens- oder Futtermittel im Sinne der Verordnung 1829/2003/EG. Richtigerweise anwendbar ist daher ausschließlich das Verfahren nach Teil C der Freisetzungsrichtlinie bzw. die dies umsetzenden §§ 14 ff. GenTG. Die Frage hat praktische Bedeutung, da die Zulassung nach Teil C der Freisetzungsrichtlinie vom deutschen BVL, die Zulassung nach der Verordnung 1829/2003/EG hingegen von der EU-Kommission ausgesrprochen wird.