Der Rechtsrahmen zur Regulierung der Agrogentechnik besteht aus komplexen, ineinander greifenden Rechtsbereichen auf internationaler und europäischer Ebene sowie in Deutschland auf Bundes- und Landesebene. Die verschiedenen Ebenen wirken dabei in vielfältiger Weise aufeinander ein, bauen aufeinander auf, beziehen sich aufeinander, relativieren sich aber auch gegenseitig.

So sind zum Beispiel die Vermarktungsrechte, über die zugelassene GVO-Produkte in der EU im Grundsatz verfügen, letztlich auch Ausfluss der Bindungen der EU an die Freihandelsregelungen der WTO, die nur in Ausnahmefällen Beschränkungen für Produkte zulassen. Andererseits sind die hohen Standards, welche die EU in puncto Schutz von Umwelt und menschlicher Gesundheit an GVO-Produkte stellt, nicht nur mit den Freihandelsregelungen der WTO vereinbar, sondern durch internationale Vereinbarungen mit gegenläufigen Zielsetzungen wie Biodiversitätskonvention und Cartagena-Protokoll sogar geboten. Innerhalb der EU stellen das in der EU-Verfassung verankerte Vorsorgeprinzip sowie ganz generell die Regelungen der europäischen Umweltverfassung auf der einen Seite und die Gewährleistung des freien Warenverkehrs sowie der Forschungs- und Investitionsfreiheit auf der anderen Seite die beiden Pole dar, an denen sich sowohl die Regelungen der EU als auch der einzelnen Mitgliedstaaten zum Gentechnikrecht messen lassen müssen.

Das deutsche Recht wiederum vollzieht im wesentlichen die genannten internationalen und vor allem europarechtlichen Vorgaben nach, so dass ein immer wieder auftauchender Punkt die EU-Rechtskonformität deutscher Regelungen ist. Da einige Fragen im EU-Recht selbst noch nicht abschließend geklärt sind - wie zum Beispiel das Verhältnis von europäischem Gentechnikrecht zu europäischem Naturschutzrecht - wirken sich diese Zielkonflikte auch im deutschen Recht aus, wie etwa bei der Frage des Einsatzes von GVO in Schutzgebieten. Eine besonders komplexe Variante des Zusammenspiels zwischen EU-Recht, Bundesrecht und Landesrecht ergibt sich dann, wenn - wie ebenfalls beim Einsatz von GVO in Schutzgebieten - EU-rechtliche Vorgaben zwar nicht durch den Bund, aber durch bestimmte Bundesländer umgesetzt wurden, es sich also die Frage stellt, ob hier Bundesrecht Landesrecht bricht oder sich das Landesrecht gegen das Bundesrecht mit Hilfe des vorrangigen EU-Rechts durchsetzt.

Auch bei den Regelungen zur Koexistenzsicherung, der Einrichtung gentechnikfreier Regionen sowie der Frage der Aufsicht über zugelassene GVO-Produkte stellt sich immer wieder die Frage, ob Bund oder Länder handlungsbefugt sind. Schließlich ist eine Überlagerung des zivilen Nachbarschafts- und Haftungsrechts durch die Vorgaben des EU-Rechts festzustellen, da die durch die EU verbrieften Vermarktungsrechte nicht durch übermäßige Haftungsansprüche ausmanövriert werden dürfen.