GVO sind Produkte im Sinne des internationalen Wirtschaftsrechts und fallen daher unter die Freihandelsgarantien der WTO. Dies bedeutet, dass die EU und ihre Mitgliedstaaten ihre Gentechnikregulierung vor diesen Handelsregelungen rechtfertigen müssen. Die hierfür maßgeblichen Rechtsgrundlagen sind:

• das allgemeine Zoll- und Handelsabkommen GATT,
• das Abkommen über Maßnahmen zum Schutz der Gesundheit von Menschen, Tieren und Pflanzen (SPS-agreement) sowie
• das Abkommen über technische Handelbeschränkungen (TBT).

Da GVO andererseits aber auch Faktoren sind, welche Umwelt und Biodiversität bedrohen können, findet auch

• die Biodiversitätskonvention und
• das Cartegena-Protokoll zur Biologischen Sicherheit,

beide jeweils mit einer starken Betonung des Vorsorgeprinzips, Anwendung.

In welchem Verhältnis die Freihandelsgarantien der WTO insbesondere zum Cartagena Protokoll stehen, ist derzeit noch nicht abschließend geklärt. Zwar hielt ein WTO-Panel im Jahre 2006 das Cartagena-Protokoll für die Beurteilung der Rechtmäßigkeit handelsbeschränkender Maßnahmen zum Schutz vor GVO nicht für anwendbar. Diese Sichtweise war aber vor allem dem Umstand geschuldet, dass die Kläger in diesem Verfahren (USA, Argentinien und Kanada) das Cartagena Protokoll bisher nicht unterzeichnet haben. Nach einer von Kommentatoren vielfach vertretetenen Auffassung kommt es aber auf die Unterzeichnung des Cartagena-Protokolls gar nicht mehr an, da dieser multilaterale Vertrag ein die allgemeinen Vorschriften der WTO verdrängende, zumindest aber ergänzendes Spezialregime zur Beurteilung von Handelsabkommenbeschränkungen bei GVO darstellt.