Werden Eingriffe ohne die erforderliche Gestattung vorgenommen, kann je nach landesrechtlicher Regelung (z.B. § 12 Abs. 4 NatSchG BW) die Natur­schutzbehörde oder die für die Gestattung zuständige Behörde eine Anordnung treffen. Für die Untersagung der Fortsetzung eines Eingriffs ist dessen formelle Illegalität ausreichend (VGH Mannheim, 24.1.1985 – 5 S 3180/84; 18.9.1985 – 5 S 1342/85; a.A. formelle und materielle Illegalität erforderlich, OVG Koblenz, NuR 1987, 275). Die Wiederherstellung des vor Beginn des Eingriffs bestehenden Zustandes oder die Schaffung des erforderlichen Ausgleichs kann dagegen nur verlangt werden, wenn der Eingriff formell und materiell illegal ist, d.h. wenn nicht auf andere Weise – z.B. durch nachträgliche Genehmigung – ein rechtmäßiger Zustand hergestellt werden kann. Dabei ist es aber nicht Aufgabe der Behörde zu ermitteln und dem Betroffenen Änderungsvorschläge zu machen, welche Möglichkeiten bestehen, um ein nicht genehmigungsfähiges Vorhaben so zu verändern, dass es doch noch genehmigt werden kann. 

Wenn die Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes mit maschinellem Einsatz zu weitergehenden Eingriffen führt, kann angeordnet werden, die Maßnahmen notfalls mit der Hand vorzunehmen (VG Schleswig, NuR 1990, 41). Ein vorbeugendes Ein­schreiten ist möglich, wenn sich die konkrete Gefahr eines rechtswidrigen Zustandes abzeichnet (VGH Mannheim, AgrarR 1975, 80).

Die Behörde hat ein weites Ermessen hinsichtlich der Entscheidung, welche Maßnahmen zur Beseitigung des Eingriffs angeordnet werden. So kann sie auch Maßnahmen anordnen, die zunächst – z.B. durch für die Beseitigung eines ungenehmigt errichteten Teiches erforderliche Erdbewegungen – selbst nega­tive Auswirkungen haben, wenn zu erwarten ist, dass dadurch nach einiger Zeit wieder ein natürlicher, ökologisch hochwertiger Zustand eintritt (VGH München, NuR 1986, 122).

Der Begriff der „Ausgleichsanordnungen“ ist weit auszulegen und umfasst auch die Festsetzung von Ersatzmaßnahmen und die Erhebung von Ausgleichsabga­ben, wenn z.B. eine Beseitigung untunlich ist, weil sich dadurch der Schaden für die Natur noch vergrößern würde und Ausgleichsmaßnahmen nicht in Betracht kommen (Czybulka, VBlBW 1991, 91). Bei Ausübung des Ermessens ist insbesondere der Gleichheits­grundsatz (Art. 3 Abs. 1 GG) zu beachten; die Behörde darf nicht mit verein­zelten Maßnahmen trotz mehrerer benachbarter Vergleichsfälle willkürlich zu Lasten eines Betroffenen vorgehen.

Die Anordnung ist grundstücksbezogen; daher können die Grundsätze des öffentlichen Baurechts herangezogen werden. So ist eine Anordnung auch rechtmäßig, wenn sie nur an einen von mehreren Miteigentümern gerichtet ist;  sie kann auch gegenüber einem Rechtsnachfolger des Adressaten vollstreckt werden (VGH Mannheim, NuR 1991, 486).

Bei Wiederherstellungs- und Beseitigungsanordnungen ist das besondere öffentliche Eilinteresse für die Anordnung des Sofortvollzugs jedenfalls dann gegeben, wenn nur bei der Durchführung entsprechender Sofortmaßnahmen hinreichend erwartet werden kann, dass sich der frühere gebietstypische Pflan­zenbewuchs auf der betroffenen Fläche möglichst bald regeneriert (VGH Kassel, NuR 1993, 333).