Die Prüfung der Zulässigkeit eines Eingriffs erfolgt im Rahmen des jeweiligen Genehmigungsverfahrens im „Huckepack“ (§ 20 Abs. 2 BNatSchG). Die Natur­schutzbehörden sind somit selbst nur in den Fällen zuständig, wo eine eigen­ständige naturschutzrechtliche Genehmigungspflicht  besteht. Ansonsten hat die jeweils für die Gestattung zuständige Behörde zumindest das Benehmen mit der gleichgeordneten Naturschutzbehörde herzustellen. Die Länder können gemäß § 20 Abs. 2, letzter Halbsatz BNatSchG eine weitergehende Beteiligung (Einver­nehmen) vorsehen.

Wird ein Planfeststellungsverfahren durchgeführt, ist über die erforderlichen Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen in dem Planfeststellungsbeschluss selbst zu entscheiden; dies darf somit nicht auf eine spätere Unternehmensflurbereini­gung verlagert werden, da sonst dem Grundsatz der umfassenden planerischen Konfliktbewältigung nicht hinreichend Rechnung getragen wäre (VGH Mannheim, NuR 1990 S. 167). Nur in den Fällen, wo sich zur Zeit der Planfeststellung die für die Bewältigung eines spe­zifischen Problems notwendigen Kenntnisse nicht mit vertretbarem Aufwand beschaffen lassen oder Prognoseunsicherheiten bestehen, kann – soweit über­haupt hinreichende Grundlagen für eine Abwägung vorliegen – über den Vor­behalt nachträglicher Nebenbestimmungen vorgegangen werden. 

Sofern das Eingriffsvorhaben der Umweltverträglichkeitsprüfung nach § 3 UVPG (bzw. nach Landes-UVPG) unterliegt, muss auch der naturschutzrecht­liche Verfahrensteil, der zur Zulassung des Eingriffs unter Auferlegung von Ausgleichs- und/oder Ersatzmaßnahmen oder zur Untersagung des Eingriffs führt, den Anforderungen des UVPG entsprechen (§ 20 Abs. 5 BNatSchG); ins­besondere ist eine Erörterung des voraussichtlichen Untersuchungsrahmens („Scoping-Termin“, § 5 UVPG), eine Kurzbeschreibung in allgemeinverständ­licher Form (§ 6 Abs. 3 S.2 UVPG) und eine Beteiligung der Öffentlichkeit (§ 5 UVPG) erforderlich.

Soweit keine anderweitige Gestattung erforderlich ist, können die Länder eine eigenständige naturschutzrechtliche Anzeige- oder Gestattungspflicht vor­sehen (BVerwG NuR 1989 S. 257). Solche Gestattungsverfahren gibt es insbesondere auch als Trägerver­fahren für Vorhaben, die nach Landesrecht UVP-pflichtig sind (z.B. Skipisten, Ödlandumwandlung, vgl. z. B. § 13 NatSchG BW). Bei Planfeststellungsver­fahren über Vorhaben, die mit Eingriffen in Natur und Landschaft verbunden sind, haben die anerkannten Naturschutzverbände Mitwirkungs- und Klagebe­fugnisse nach § 58 ff. BNatSchG (s.U. Seite 206 ff.).